Nynashanm es puerto de Estocolmo y no otro puerto distinto. Estocolmo tiene tres puertos, uno de ellos está en el centro de la ciudad y van los ferrys y algunos barcos de crucero.
Princess desde hace tiempo va a Nynashanm, para evitarse el fiordo. No sé si continuará haciéndolo pero me temo que sí pues, algunas agencias de viaje ponen como puerto"Estocolmo (Nynashanm)". De todas maneras puedes preguntarlo a la naviera directamente en cual de los tres puertos de Estocolmo atraca. En cualquier caso no mienten si dicen Estocolmo, sin más. Esta es la razón por la que recomiendo Celebrity sobre Princess en la ruta del Báltico. Claro que en Celebrity te puede tocar Klaipeda en lugar de Gdansk, y allí no hay nada que ver ni hacer.
El puerto de Helsinky está al lado de la ciudad.
En cuanto a ir a Berlín en coche, es más rápido que el tren, pero luego te encuentras en una ciudad enorme que no conoces y en la que tienes que aparcar. Luego tienes que salir con tiempo para no perder el barco, lo cual te acortará el tiempo de visita. Otra cosa es que quieras visitar Lübeck o Schwerin pero, para visitar Berlín, yo iría tranquilamente con el tren especial del barc que tomas delante de las estación marítima pues, aunque sea más lento que el coche, tienes más tiempo libre en Berlín. Si hay un "Berlín a su aire" te permitiría organizarte a tu gusto la visita y tener más horas libres en Berlín.
En todo caso, si vas en coche, tienes que organizarte bien la ruta de entrada y, sobre todo, la de salida de Berlín, pues perderse en la salida te puede suponer perder el barco. Si alquilas un coche mira que tenga GPS, pues te puede facilitar tanto la entrada en Berlín como la salida y tener más tiempo libre.
En cualquier caso, dado que hay vuelos a Berlín desde casi toda España (desde Málaga y desde Canarias, seguro) a menos precio que el taxi al aeropuerto, y que se trata de una ciudad muy grande con muchas cosas para ver, yo aprovecharía un fin de semana para ir a Berlín antes de salir de crucero y así quedar vacunados. Para los americanos es otra cosa, pues igual no vuelven a Europa en muchos años, pero para los europeos...
Es como en la escala en Le Havre irse a París, teniendo mucho más accesibles Honfleur, Deauville, Le Mont-Saint-Michel, etc.