Hola Rubén.
Yo no tengo la experiencia de viajar con niños pero lo que sí puedo decirte es lo que yo hice y que en todos y cada uno de los transportes me encontré a gente con maletas y niños de todas edades

Nosotras nos cogimos un bus en el aeropuerto que sale cada 10 minutos y te lleva a la plaza de Roma. El billete lo sacas en el aeropuerto, ves las oficinas justo al salir de recoger las maletas, no hay lugar a pérdida. Y allí, de todas formas, te informan de lo q quieras saber según dónde tengas el hotel(nosotras lo teníamos a 5 minutos andando de la plaza de San Marcos).
CUando llegas a la plaza de Roma, allí tienes una oficina (donde por supuesto también te informan) para sacar los billetes y tienes allí todos los transportes (ya de agua a partir de aquí todo). Nosotras cogimos un vaporetto que, a donde nosotras nos quedábamos, nos llevó una media hora. Es un trayecto que además, merece la pena porque aprovechas para disfrutar de lo peculiar de la situación y, en mi caso, hacer un millón de fotos. Repito que aquí no dejaba de subirse y bajarse en cada parada gente con maletas y niños.
Para ir de Venecia al puerto, nosotras hicimos lo mismo ya que, la parada la teníamos a 5 minutos del hotel y para ir con las maletas nos resultaba la opción más cómoda. Como he explicado en un mensaje anterior cuando llegas a la plaza de Roma te coges el tren (People mover) q hos lleva directos al puerto.
Con niños o sin niños mi consejo es que vayais un día antes para echarle una vista general a la ciudad. No se puede estar en Venecia y no dar ni si quiera un paseo por sus calles. Es una ciudad increíble. Seguro os sabrá a poco y querreis volver.
Todo depende de que, sobretodo con niños, seais prácticos y elijais el hotel en un sitio céntrico. Tened en cuenta al mirarlo, que los hoteles en Venecia no son como en España....jeje. os encontrais edificios muuuuyy viejos y fotos que os dejarán un pelin sorprendidos ccomo poco....jaja. Pero son así en general. Mucho dinero por una calidad q en España estaría en la categoría de hostal.
Si tienes alguna duda más y puedo ayudar en algo, no dudes en preguntar.
Un saludo