Hola pepi,
En relación a los puertos que indicas en cuanto a Estambul, la puedes hacer perfectamente andando las distancias con muy cortas, y los monumentos están muy cerca unos de otros, te recomendaría que vieras el bósforo, puedes aprovechar la visita del Palacio Topkapi, desde el mismo se tiene una buena vista. Hay un restaurante en el mismo y puede aprovechar para comer, tiene magnificas vista, haciendo lo que te dice zorne, puedes hacer una autentica visita a Estambul, el resto de tiempo dedica a callejear, Estambul es una ciudad segura como lo puede ser Barcelona.
En cuanto a Kusadasi las visitas a realizar son Efeso y Casa de la Virgen Maria, puedes negociar a la salida del puerto con los taxistas, no les pagues hasta el final del trayecto, la visita pueden ser aproximadamente unas 3 – 4 horas, el sistema utilizado es ir hasta la casa de la virgen luego te dejan en la entrada de Efeso y te esperan a la salida, no cambien a monda turca, funcionan con euros, pero prepárate a regatear mucho, por la excursión antes indicada no pagues mas de 45-50 €, por el taxi de 4 personas, el resto son compras, la mayoría de los productos todo falsificaciones pero algunos productos están muy bien.
Sobre Atenas, veo que tienes muy poco tiempo, es el sitio del mundo que menos te puedes fiar de los taxistas, su sistema es muy peculiar, van recogiendo pasajeros que hagan el mismo recorrido, y van cobrando a todos, aparte de ello, negocia siempre el precio antes de hacer el recorrido, y no pagues hasta el final, si no negocias el precio y el taxista no quiere poner el taxímetro bájate, si no tendrás problemas serios, con el poco tiempo que tienes yo te aconsejaría la visita a la acrópolis, bajando puedes hacer una visita , por el edificio del parlamento, la plaza que hay frente a el y desde esta plaza hasta la plaza Omonia, hay dos calles donde se encuentran la mayoría de tiendas, universidad, Catedral Católica, es interesante pasear por ella, también si te da tiempo.
Otro lugar interesante es el barrio de Parka, yendo hacia a el desde la plaza del parlamento, te encuentras con la Catedral Ortodoxa, también encuentras las ruinas de la Águeda griega y romana, así como la Rosa de los Vientos. Con el tiempo que tienes no creo que puedas ver mucho mas, pero sobretodo cuidado con los taxistas.
En Rodas como te dice zorne, el barco atraca en la misma ciudad, a la salida del puerto encuentras las murallas y sus puertas, y la puedes visitar toda a pie. Te recomiendo la visita del Palacio del Gran Maestre, también en la isla de Rodas esta la ciudad de Lindos la cual es una autentica belleza queda separada de rodas y hay que desplazarse e coche pero vale la pena.
Las ciudades que conozco de la zona son Atenas, Estambul, Miconos, Patmos, Kusadasi, Rodas, Creta, Katalocon (Olimpia), Santorini, Corfu, Cefalonia, si necesitas alguna información sobre las mismas, estoy a tu disposición.
Saludos,