En tallin es muy fácil llegar al centro andando desde el puerto y la ciudad se puede recorrer a pie. Nosotros compramos la Tallin Card de un día que salía bien de precio y te permitía entrar a muchos sitios.
En warnemunde fuimos por la mañana a Rostock en tren, la estacion esta muy cerca del puerto y por la tarde en warnemunde, viendo la playa, el faro.... Si quieres ir a berlín supongo que será mejor contratar excursión.
En san petersburgo contratamos excursión con la agencia que mencionas y muy bien.
Helsinki también lo hicimos por libre, la ciudad se recorre bien a pie o en tranvía y.nos quedo tiempo para ir en ferry a suomelinna.
En Copenhague también por libre, desde el puerto a la ciudad en tren, aunque hay que andar un ratito hasta la estación de tren.
En oslo tambien contratamos excursión, los demás puertos no los conozco.